玉溪市儿童医院是云南省第二家三级儿童专科医院，为玉溪市卫生健康委员会下属事业单位，公立医院性质。是国家儿童医学中心消化专科联盟成员单位和国家先天性结构畸形救助项目定点医疗机构。2018年12月13日，玉溪市儿童医院与昆明市儿童医院签订联盟合作框架协议，就管理支持、医疗资源共享、专项技术帮扶、人才培养等合作达成共识。协议的签订，能切实发挥医疗联合体优势，以专科协作为纽带，提升区域医疗服务能力，落实分级诊疗和双向转诊，形成补位发展模式，更好地提升玉溪市儿童医院的医疗服务能力和管理水平，为玉溪儿童提供更加方便、优质的医疗服务。2019年4月，消化感染科、呼吸科、神经内分泌科、肾血液科、重症医学科、新生儿科通过玉溪市第六批优质护理服务病区（房）验收。

设置床位750床的新院区建设完毕，面临重大历史发展机遇，急需大量医疗卫生技术专业人才，即将快速发展成为滇中南区域性规模适度、学科齐全，集儿童疾病诊断、治疗、科研、教学、保健、康复为一体，并承担突发性公共卫生事件应急处理职责，履行儿童传染性疾病防治职能的儿童健康保障中心，成为玉溪市儿童首选的，玉溪领先、云南先进的西南地区儿童医疗中心之一。

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